Предполагается использовать провайдера ЭДО чисто как почтальона, для отправки xml-файла УПД, сформированного из самописки. Понятно, что этим дело не ограничится. ККТ пока не рассматриваем. Это отдельная тема. Какие подводные камни могут всплыть?

Да можно формировать, почему нет.
У Сбиса хорошее описание формата есть, а у Контура валидатор для проверки файла.

(1) Это понятно, что проблем с форматом быть не должно. А также понятно, что у любого почтальона должен быть валидатор. Иначе бы он не был таковым. Я про другое. УПД - это только одна часть айсберга. С чем ещё придётся столкнуться? Кто подскажет? Ясно также и  то, что при возврате придётся марки переклеивать.

(0) Заголовок не соответствует содержанию.Вам нужен обмен с ГИСМ и ЭДО а одном флаконе.Это охренеть какая большая подсистема, вернее их целое семейство.

(3) Стратегия такая - в принципе, формат 5.03 отличается от предыдущего только прослежкой и марками. Отсылаем клиенту УПД через провайдера, который передачу РНПТ и марок возьмёт на себя. Часть гемора таким образом с себя снимаем.