В здании "Полевой стан, нежилое здание..." построили "Полевой стан (колбасный цех)".

Остатки по "Колбасному цеху" вводили документом "Ввод начальных остатков во внеоборотные активы" (08 + УУ).
Остатки по "Полевой стан, нежилое здание..." вводили документом "Ввод начальных остатков основных средств" (01 + 02 + УУ).

Как сделать, чтобы расходы по модернизации отразились в КУДиР?

Сейчас эти расходы в отчёт "Расходы по ОС и НМА" вообще не попадают. Квартал закрыли.

(0) Модернизация - это если обычный цех докторской колбасы превратили в цех салями.
Есть здание, т.е. стены и перекрытия, у него свой СПИ, например, 100 лет. А у цеха - свой, гораздо меньше, например, лет 7.

Это не модернизация, а новое ОС.