В обработчике перед выгрузкой пишу код:
Если ТипЗнч(Источник.ДокументОснование) <> Тип("ДокументСсылка.ПоступлениеТоваровУслуг") Тогда
    Отказ = Истина;
КонецЕсли;

Но объекты всё равно загружаются с другим типом
Как такое может быть и в чём проблема?

Нет определения, что такое объекты.
Нет определения, что такое тип.
Не описан процесс загрузки.

Источник СчетФактураПолученный, больше в процедурах ничего нету. Он же должен в событии перед выгрузкой сразу исчезнуть, процесс загрузки позже идёт (1)

(0)если это типовые то ДокументОснование в табличной части находится, тот что в шапке может быть пустой ссылкой Вашего типа

(0) Значит, это не реквизит ДокументОснование. О какой конфигурации речь?

УПП

1.3.247

Ну я бы "поотлаживал".
Убедился что управление вообще в эту процедуру попадает.
Попробовал бы написать Отказ = Истина; вообще без условий.
Попробовал бы после Отказ = Истина; написать Возврат;
Попробовал бы инвертировать условие.

Где-то бы я и получил доп информацию. А так сидеть и гадать мало полезно.

p.s. Кстати, а КД - последней версии - 2.1.8.2 ?
А конфигурация не повреждена - можно новую скачать... ?