База опубликована iis сервером и сейчас пользователи ходят туда через http соединение, предварительно установив с сервером соединение vpn.
вопрос по способу подключения базы: tcp или http ? что быстрее ?

это протоколы разных уровней
HTTP всегда поверх TCP, который поверх IP

Если у вас есть сервер приложений 1С, то можно и TCP, а если просто файловая с доступом через http то TCP в пролете

(2) а если просто файловая, то можно и через TCP, но это рискованно при многопользовательской работе

(3) Ну твой вариант, это не чистый TCP. Он поверх TCP через samba, что не отличается от варианта с HTTP, только менее надежен.