Необходимо заменить GUID у элементов справочника, чтобы работал поиск по идентификатору.
Есть ли инстурменты 1C для этого?
Какие риски если буду менять напрямую в SQL ?

Инструмент только один - создать новую ссылку с нужным гуидом

(1) +1
&НаСервереБезКонтекста
Процедура ЗаменитьСсылкуНаСервере(Ссылка,УИД)
    Об = Ссылка.ПолучитьОбъект();
    НовОб = Об.Скопировать();
    НовОб.УстановитьСсылкуНового(УИД);
    НовОб.ОбменДанными.Загрузка = Истина;
    НовОб.Записать();
    ПарыЗамен = Новый Соответствие;
    ПарыЗамен.Вставить(Ссылка,НовОб.Ссылка);
    
    ОбщегоНазначения.ЗаменитьСсылки(ПарыЗамен, Новый Структура("СпособУдаления,ЗаменаПарыВТранзакции","Непосредственно",Истина));
    
КонецПроцедуры