Нужно получить всех зарегистрированных пользователей во всех активных областях системы. Обработку которая это реализует в неразделенном режиме сделать смогла. Вопрос как сделать тоже самое в режиме разделения?

Select * from v8users;
Select * from _ReferenceXXXXX;

Перебором всех областей, выполнением запроса в каждой из них и склеиванием результатов.

Список областей взять из регистра сведений с одноименным названием.

в режиме разделения, когда нахожусь в области не получится перебрать все области

Еще раз, для сомневающихся. Под пользователем, у которого нет привязки к областям, входишь по очереди в каждую  область программно, выполняешь запрос, помещаешь результаты в какой-то созданный тобой объект, выходишь из области программно. И так несколько раз.