Как полностью заменить конфигурацию хранилища. Пробовал захватить все рекурсивно и Сравнит-Объединить, все равно остаются расхождения. Ошибка возникла после обновления релиза.

Проще пересоздать хренилище

(1) но хочется ведь историю тащить :(

(2) историю оставьте отдельно. если нужно - зайдут и посмотрят. такое редко бывает нужно

а что за расхождения? объекты не удалены?)

при смене релиза истории часто рушаться. Даже если все вроде нормально. Поэтому, периодически надо создавать новые хранилища, а старые оставлять в прошлом для просмотра. Но смотрят их почти никогда.

(4) да

(4) даже строчки кода