Доброго времени суток.
При проведении реализации происходит контроль остатков и не даёт списать в минус, значение допправа "Контролировать остатки и резерв товаров на складе" для пользователя - ложь.
Где ещё нужно отключать контроль?

(0) Попробуйте в коде прописать. В регистре накопления есть модуль набора записей, в нем процедура "контроль остатков". Можете прописать чтоб не выполнялась если вызывается при проведении реализации