Пытаюсь достучаться к полю комментарий в документеXML через свой  алгоритм
[Результат] = [ДокументXML].Комментарий;

Но в итоге в комментарий как-то записывается наименование контрагента а не комментарий менеджера, который там есть "манагер"
<Номер1С>5</Номер1С>
<Контрагенты>...</Контрагенты>
<Время>20:31:57</Время>
<Комментарий>манагер</Комментарий>

В чем моя ошибка?

Ошибка скорее всего в том, что вы решили дорабатывать что-то, когда это есть в настройках модуля битрикс. Там можно выбрать какие реквизиты и чем будут заполняться при получении данных с сайта