Неоднозначное поведение при настройке правил нашел у себя.
если пишу например в ПКС
ВыгрузитьПоПравилу(Источник.Сделка,,,, "ЗаказКлиента");
нужно ли ниже писать Отказ = истина чтобы одновременно выгрузки по стандартным "по умолчанию" правилам не произошла? или ВыгрузитьПоПравилу отменяет стандартный механизм выгрузки?

ничего он не отменяет. если не ставить галку, кажется, "Не запоминать выгруженные объекты" то по одному правилу 1 объект выгрузится 1 раз.

(1) ок спасибо