На ночь запускали перепроведение документов, в сообщениях о проведении выходят ошибки:

<Объект не найден> (480:90e700155d00870111eb317579a5d53a) -  Значение не является значением объектного типа (Дата)
<Объект не найден> (370:90e700155d00870111eb317579a5d53c) -  Значение не является значением объектного типа (Дата)
<Объект не найден> (480:90e700155d00870111eb31757fb12652) -  Значение не является значением объектного типа (Дата)
<Объект не найден> (370:90e700155d00870111eb31757fb12654) -  Значение не является значением объектного типа (Дата)
<Объект не найден> (480:b77600155d00870111eb348e3f6e00aa) -  Значение не является значением объектного типа (Дата)
<Объект не найден> (370:b77600155d00870111eb348e5367f9ac) -  Значение не является значением объектного типа (Дата)
<Объект не найден> (480:b77600155d00870111eb348e5c1d2b85) -  Значение не является значением объектного типа (Дата)
<Объект не найден> (370:b77600155d00870111eb348e84885f23) -  Значение не является значением объектного типа (Дата)

Перепроведение документов между которыми они выходили - ничего не дает.

Раньше вроде такого не замечалось, база не изменялась. В чем может быть проблема?

ищите документ где удалено это значение

База побилась. Где-то напрямую удалили документы.
Сделай на копии ТИИ

(0) Можно в бэкапе поискать эти объекты и посмотреть что с ними не так.

(2) Да, есть написанный документ, который пакетным вводом создает отчет производства за смену и требование накладная, и при переоформлении удаляет и создает новые. Видимо бухгалтер запустила перепроведение перед уходом, а цеха  еще оставались работать и передали документы.