В пользовательских настройках отчета я настраиваю отбор в "списке", выбираю несколько значений по порядку. Но потом при формировании отчета эти значения указывается не в том порядке, почему??

(0) потому что отбор не сортировка

вот есть у тебя 3,2,1
отбор (1 2 3)
3 есть в (1 2 3)? есть, выводит
2 есть в (1 2 3)? есть, выводит
1 есть в (1 2 3)? есть, выводит

(2) т.е он выводит в произвольном порядке?

(3) Выводит в том порядке, в котором вернул запрос. Если нужен порядок - установи сортировку в запросе или в СКД в настройках