В запросе два раза подряд формируются временные таблицы с помощью запроса к одной той же виртуальной таблице "Обороты" оборотного регистра накопления.
Указаны разные параметры "Начало периода" и "Конец периода".

Но по каким-то неведомым мне причинам, второй запрос выполняется с параметрами первого - тот же период выбирается. Какая-то встроенная оптимизация, вероятно.
Сразу скажу, мне не удалось воспроизвести ситуацию на простых примерах в демобазе. Обойти удалось легко  отказавшись во втором запросе от виртуальной таблицы и обратившись к обычной таблице регистра с соответствующими группировками. Объёмы "крошечные", поэтому с практической точки зрения проблем нет.  
Но в теории всё равно интересно, если кто-то с подобным сталкивался, расскажите, возможно имеются более "правильные" решения.

"Но по каким-то неведомым мне причинам, второй запрос выполняется с параметрами первого - тот же период выбирается" мы не лечим когда пациент уже умер

если покажешь запрос и настройки = все расскажу

и сейчас окажется, что первый запрос к Оборотам делался с пустыми периодами и никто не заподозрил подвоха
А вот во второй запрос подставляли периоды заполненными и они заглючили.
И запрос опять выполнился с пустыми периодами.

(2) Запрос к БИТовскому регистру, бит_ОборотыПоСтатьямБюджетов, в конфигурации БИТ.Финанс, проверял в консоли ИР.
Могу показать, конечно.

(3) Да вроде всё посмотрел... Сейчас ещё раз гляну на всякий случай

(0) параметры виртуальных таблиц в СКД надо указывать ТОЛЬКО через закладку "Компоновка данных"

Запомните как отче наш

(6) Не знал про этот канон, честно говоря. Сейчас попробовал - помогло! Спасибо!

(6) Почти всегда указывал "по-простому", правой кнопкой в запросе, а вот с проблемой столкнулся впервые.