Как организовать сравнение двух документов, точнее данных, которые там находятся, на наличие повторения?

С учетом данных в ТЧ, причем нескольких? И учитывая сортировку строк в ТЧ разную с одинаковыми данными?

Самый простейший вариант это https://ru.wikipedia.org/wiki/Хеширование

(2)+ Это если дубли документов искать.

Если же речь про одинаковые строки в ТЧ разных документов, то используй или группировку в запросах или выгрузку в одну ТЗ и силу Свернуть()