Если авторегистрация, то пмсм никак.
Нужно выключить авторегистрацию и создать подписку на событие ПередЗаписью и ещё одно ПередУдалением и там программно обрабатывать. Можно как в типовых использовать правила регистрации из внешнего файла.
(3)Не надо там ничего выключать. В ПриЗаписи (или аналогичной подписке) пишешь ОбменДанными.Получатели.АвтоЗаполнение = Ложь;
ОбменДанными.Получатели.Очистить();