Результат будет одинаковый или нет?

НовыйЗаказ = Заказ.Скопировать();

НовыйЗаказ = Документ.Заказ.Создать();

НовыйЗаказ.Дата = Заказ.Дата;
НовыйЗаказ.Контрагент = Заказ.Контрагент;
....
....
и т.д.

Может не быть одинаковым, ведь вызывается событие "ПриКопировании"

При копировании меняется ответсвенный только, у меня какие то странности, при проведении одного заказа, создаю ещё один заказ копированием, провожу второй заказ, допроводится первый заказ и у первого заказа появляется битая ссылка, первый заказ создается также программно

Ничего не понятно и от того ещё интереснее. Вы таки хотите сказать, что во время проведения первого документа, создаёте и проводите второй документ?

дата не копируется, остальное копируется, но может быть очищено/подменено в обработчике

(4) Тут ещё надо посмотреть. Оперативное или неоперативное проведение.

На клиенте вызываю серверную функцию, там создается заказ, в подписке на проведение заказа есть условия при которых создается ещё один заказ (создаю копированием и меняю пару реквизитов дату в том числе), смотрю через отладку в серверной функции Возврат Заказ.Ссылка ссылка есть, а на клиент уже битая ссылка приходит. Если условие на создание 2го заказа не проходит, то всё норм

(6) Так может создаешь копированием второй когда еще ссылка первого не получена? В какой момент копируешь?

(6) В некоторых конфигурациях при проведении используется откат транзакций - возможно запись документа тоже "откатывается", а позднее документ повторно записывается при проведении, но уже с другим значением ссылки.