Есть подменю "Ввести на основании", реализованное командным интерфейсом. Стандартное, типовое. Конфа на коробке.

Как убрать один из вводимых на основании документов из списка, используя расширение конфигурации?

про командный, вроде, еще не реализовано. Насколько я помню/знаю

В модуле менеджера смотрите процедуру ДобавитьКомандуНаОсновании. Можно в расширении убрать нужный документ из списка команд.