если ПОЛНОСТЬЮ регистр остатков "очистить" - то удалить две соответствующие таблички (в файловой базе или в скуле) - при запуске создадутся автоматом новые пустые
.
если выборочно - то перепроведением соотв.документов.
.
можно и "извне".. смотри на инфостарте "Граната для обезьянки"