Есть документ вида "МойДокумент".
И пустые права доступные пользователю.
В расширении этим правам дано право "Удалить" на "МойДокумент".
Так же в расширении есть обработка с кодом:
Если ПравоДоступа("Удаление",Метаданные.Документы.МойДокумент) Тогда
ДокОбъект.Удалить();
КонецЕсли;

Пользователь запускает эту обработку и на ДокОбъект.Удалить() получает "Недостаточно прав доступа".
Ссылок на документ в базе нет.

Ну хз даже...

Может ошибка не от удаления, а от чего-то другого? Обработчики посмотри, подписки и т.п.

В ЖР загляни...