Обновил проф - в базе были начисления с начала года. Начали начислять ЗП за текущий месяц - подтягивает в начисление НДФЛ с начала года, оказалось, что в регистре "Взаиморасчеты с сотрудниками" у старых начислений нет движений по суммам НДФЛ, новое начисление двигает регистр суммами НДФЛ, так и должно быть? Или проблема обновления?

Сначала на копии такие обновления тестируют

Толку то, тестировали

(2) Я бы для начала посмотрел список проблем релиза.
потом полез бы в отладчик.

Отладчик то уже бессилен, если не были процедуры проведения отработаны по НДФл во время обновления..., но ошибок не было! Должны ли они были отработать, вот в чем вопрос?

Бухгалтер провела начисление текущее - суммы НДФЛ в регистре выровнялись, по счетам все было верно, может так и задумывалось...