У кого-нибудь получалось сделать сквозную авторизацию на веб-версии 1с?

Да

Это был IIS или Apache?

Оба
1) Настроить на веб сервере авторизацию windows (ntlm, kerberos)
2) Настроить на веб сервере имперсонализацию пользователя windows. Если веб сервер и сервер 1С на разных машинах, то делегировать машине с веб сервером право имперсонализацию в настройках АД
3) В клиентском браузере разрешить предъявление текущих кредишнлов по умолчанию на урл где слушает веб сервер.

За подробностями в гугл пожалуйста.

1) У вас сервер 1с был 32 бита или 64?
2) Апач был 32 бита или 64?

Подозреваю, что веб сервер и сервер приложений - это разные машины, поэтому и не работает авторизация. :)

Машина одна, осталось выяснить разрядность.

Какой модуль для апача использовали, для ntlm?