В документации есть только акт списания с рег.1. А с рег 2 может как-нибудь можно?

Отмена операций списания или постановки на баланс на второй регистр не предусмотрена. Только по первому регистру. Выравнивайте постановкой на баланс.

http://egais2016.ru/forum/viewtopic.php?t=5521

Выравнивать это понятно. У меня пользователи сделали списание акцизного товара со статусом реализации