Оформлено ПТиУ на 41.01 в начале месяца
Далее сделали ТН 20.01-41.01 в середине месяца
В конце месяца делаем расчет себестоимости и расчет дополнительно делает проводки с такой же аналитикой без количества но с суммами.
Т.е. как бы досписывает какие то суммы с 41.01, хотя ТН все списало уже ранее. КА типовая.
Куда копать ? Спасибо.

В регистр затрат смотри. Там есть корраналитики, которые покажут откуда взялись эти суммы

У меня документом РС из МПЗ в Затраты списывается непонятно откуда взявшаяся сумма и все... где там смотреть ?

(2) В регистр. Я же сказал.
У тебя КА. В ней первичны регистры. Счета - это тупое отражение оных.