Бизнес процессы. Как по верхнему уровню получить все вложенные БП в запросе.
Есть бизнес процесс. и регистр где указывается в реквизите что есть родитель у БП

Это типа иерархия бизнес процессов? СКД умеет работать с произвольной иерархией.

Почитай
https://its.1c.ru/db/metod8dev#content:1984:hdoc
https://its.1c.ru/db/v83doc#bookmark:dev:TI000000631

(1) а вообще вопрос с этим получением иерархии в СКД, насколько оно производительнее обычного циклического запроса? Насколько я понял, КД выполняет тот же циклический запрос, только +там можно передавать параметр списком (флажок) - что вроде несколько оптимизирует.. Кто нить смотрел, как эта хрень на СУБД выполняется?

(3) Судя по тому, что там связь наборов, то да - цикл.
На СУБД не смотрел