Нужно находить и помечать на удаление
элемент справочника, при пометке на удаление документа.
В какой процедуре это правильно сделать?
Я сделал вот так, так как не нащел другой процедуры:

Процедура СписокПередУстановкойПометкиУдаления(Элемент, Отказ)
    ЭлементСпр = Справочники.А_ИерархияЗаказов.НайтиПоНаименованию(СокрЛП(Элемент.ТекущаяСтрока.Номер),Истина);
    Если ЭлементСпр <> Справочники.А_ИерархияЗаказов.ПустаяСсылка() Тогда
        ЭлементСпр.ПолучитьОбъект().ПометкаУдаления=Истина;
    КонецЕсли;
КонецПроцедуры

(0+) но это как то криво, и срабатывает когда ещё не установили непосредственно пометку на удаление

Так а почему ты в процедуру "перед пометкой" пишешь? Сделай после пометки

точнее так

Процедура СписокПередУстановкойПометкиУдаления(Элемент, Отказ)
    ЭлементСпр = Справочники.А_ИерархияЗаказов.НайтиПоНаименованию(СокрЛП(Элемент.ТекущаяСтрока.Номер),Истина);
    Если ЭлементСпр <> Справочники.А_ИерархияЗаказов.ПустаяСсылка() Тогда
        ЭлементСпр.ПолучитьОбъект().УстановитьПометкуУдаления(Истина);
    КонецЕсли;
КонецПроцедуры

(2) а где такая процедура?
дело в том что я не увидел других процедур

В модуле документа в ПередЗаписью()

Если ПометкаУдаления Тогда
   //---тут помечай элемент спр
Иначе
   //тут снимай пометку  элемента
КонецЕсли;

правда нафига это надо - непонятно

лучше в ПриЗаписи(). И проверять тут если стоит пометка на удаление, то и свою процедуру сюда пихай

(5)(6) а это будет срабатывать когда ставится пометка на удаление или снимается?
Это же будет при записи документа выполняться!

(7) когда сняли или поставили пометку на удаление происходит запись документа (чтобы зафиксировать тот факт, что он помечен на удаление).

(7) а ну да в ПриЗаписи, срабатывает когда ставишь пометку на удаление

(8) ясно

(7)Это будет срабатывать при любой записи документа.как считаешь , установка пометки записывает документ?

А если документ будут перезаписывать? Постоянно будет это срабатывать.

так сделал в процедуре ПриЗаписи

    Если ПометкаУдаления Тогда
        ЭлементСпр = Справочники.А_ИерархияЗаказов.НайтиПоНаименованию(СокрЛП(Номер),Истина);
        Если ЭлементСпр <> Справочники.А_ИерархияЗаказов.ПустаяСсылка() Тогда
            ЭлементСпр.ПолучитьОбъект().УстановитьПометкуУдаления(Истина);
        КонецЕсли;
    Иначе
        ЭлементСпр = Справочники.А_ИерархияЗаказов.НайтиПоНаименованию(СокрЛП(Номер),Истина);
        Если ЭлементСпр <> Справочники.А_ИерархияЗаказов.ПустаяСсылка() Тогда
            ЭлементСпр.ПолучитьОбъект().УстановитьПометкуУдаления(Ложь);
        КонецЕсли;
    КонецЕсли;

(13) Вам, что, за строчки кода доплачивают?

ЭлементСпр = Справочники.А_ИерархияЗаказов.НайтиПоНаименованию(СокрЛП(Номер),Истина);
Если ЭлементСпр <> Справочники.А_ИерархияЗаказов.ПустаяСсылка() Тогда
      ЭлементСпр.ПолучитьОбъект().УстановитьПометкуУдаления(ПометкаУдаления);
КонецЕсли;

Вообще-то, перед пометкой на удаление, неплохо бы проверить отметку - может быть объект уже помечен на удаление.

PS: Элемент.ТекущаяСтрока.Номер - это попахивает бредом. "Номер" - это номер строки, он не может быть полем для связи - любая сортировка списка и всё, "алес, капут".