Есть справочник, который доступен пользователю по RLS, в этом справочнике ссылка на другой справочник, который не доступен, соответственно в форме пользователь видит "Объект не найден", как нибудь автоматом обработать такую ситуацию можно? что бы скрывалось поле к примеру?

А если в недоступных элементах исключить наименование? Вместо "Объект не найден" будет наименование, а посмотреть низя

только кодом

(0) имхо неправильно настроен РЛС у вас
по идее документ с недоступным рекизитом не должен открываться совсем или
если всё же доступ к такому документу с таким рекизитом на самом деле нужен
нужно настроить РЛС только на чтение

видимость по ролям решит вопрос?