В обработчиках событий управляемого приложения ПередЗавершениемРаботыСистемы, ПриЗавершенииРаботыСистемы, а также в обработчиках событий управляемой формы, находящейся в режиме закрытия, ПередЗакрытием, ПриЗакрытии, запрещено открывать окна и выполнять любые серверные вызовы.

Как теперь использовать механизмы, для которых исполнение алгоритма на сервере было необходимо?
Кто-нибудь нашел решение?

Нашел ответ:

Из этого следует рекомендация хранить в данных формы ту информацию, которая может потребоваться для определения того, можно закрыть форму при завершении работы приложения или нет. Для существующих форм может потребоваться переработка механизмов, отвечающих за закрытие.

Может кому пригодится