1. Есть связка Управление Торговли 10.3.36.1 и Розница 2.1.9.20.
2. При поступление товаров он оприходование делается в Управление Торговли. Соответственно там же делается документы: установка цен, переоценка, перемещение на магазин.
3. После обмена с розничном магазине в Рознице появляются документы: Перемещение Товаров, Установка Цен, Применение Цен.
4. В Разделе: Администрирование-Маркетинг установлена опция "Применение Цен".
Суть вопроса:
Если в справочнике магазины для магазина установить "Использовать применение цен", то при оформление ЧекаККМ цена у товара нулевая. И соответственно, если  флаг снять, то цена появляется. Оба документа по ценам созданы 10.04.2016, а продажа сегодня. Вообще принцип работы по ценам в "Рознице" и для чего нужен документ "Применение Цен".

Применение цен - дополнительный документ, позволяющий отложить установку цен.
Т.е. вариант - утром маркетолог шарахнул установку цен в центральном офисе. По магазинам в РИБ это расползлось, и на кассах стали новые цены, а на ценниках напечатаны старые.
Соответственно, если включить галку применение цен в магазинах. То установка цен приползает. Ответственный сотрудник в магазине нажимает кнопку печать ценников - все выверяет, уточняет, ценники режет выносит в зал. потом нажимает применение цен - оно заполняется новыми ценами и начинает действовать на кассах. ценники счастливы, покупатели довольны.

Если же магазин один и пользователь сам знает, когда и что нужно печатать и проводить - то применение цен можно не использовать.