То есть конфа явно с ошибками, чем можно её проверить исправить, если стандартные (Конфигурация-Проверка конфигурации и ТиИ) вылетают с виндовым ругательством ничего не говорящим, типа 1С афигела и будет закрыта.

Есть ли какие внешние утилиты ?
1С 8.3.6.2449

такое ругательство http://joxi.ru/Q2K53pnH9qWJQr