Имеется отчет на СКД, содержит 2 не связанных набора данных, данные первого набора выводится как таблица, второго как группировка.

Задача: закрепить положение заголовков полей таблицы при выводе второй группировки, т.е. чтобы при прокручивании вниз или вправо заголовки оставались на месте.
Это работает автоматически если не выводить группировку.

Как я понял, зафиксировать подобным образом заголовок можно только программно, используя свойства Табличного документа ФиксацияСверху и ФиксацияСлева.

не только. можно показать пользователю чудесную кнопку "Зафиксировать таблицу"

выделяешь ячейку, ниже которой и правее которой нужно зафиксировать таблицу, затем меню Таблица - Вид - Зафиксировать таблицу