Собственно сабж.
Наверно нужен что-то вроде Unlokera, только наоборот.

Зайти в свойства файа, на вкладке «Безопасность» (Security) нажать кнопку «Дополнительно» (Advanced) и добавить строки описывающих запрет (Deny) на запись.

насчет системы не знаю, но юзеры не смогут удалить

(0) Ищи описание системных реквизитов файлов. Изменить их можно только программами низкоуровневого доступа к диску. Что-то вроде "DiskEdit". Есть там один бит, который запрещает изменять файл вообще всем, даже системе.
Этим битом пользуются некоторые программки создающие "вакцины" флешек от вирусов. Когда на флешке создается неизменяемый пустой файл автозапуска.
В интернете полно описаний действий этого механизма.

(3)я чет даже не соображу, какую яндексу предъяву кинуть, что б получить такую инфу.

Права убрать для всех, даже для System

(3) это только для FAT применимо вроде как

в нтфс можно системе не дать даже видеть файл