Рассматривается вариант перехода с "фейк-рейда" на программный. У кого есть практический опыт?

юзал под никсами. из плюсов - можно на соседнюю машину переставить - и все будет работать. при аппаратном - можно напороться на взбрык контроллера

(4) +1
(5) + та же логика применима и к виндовс осям

А какие могут быть проблемы?
Ничуть не хуже аппаратного.

Только вопрос какой именно рэйд вы собрались делать?

Делал, один проработал 7 лет, потом компания закрылась. Проблем не было. Это на Вин2003 работало.
Полтора года назад настраивал на Вин2012, работает по сей день.

Вы, таки, будете смеяться, но все популярные NAS'ы - типа QNAP'а, NetApp'а и разных там Synology это софтовый рейд на пропиетарной ОС. Поэтому ненадёжность и тормознутость софтового рейда это фантазии производителей аппаратных рейдов и догматы динозавров от админства.