Реализация заполняется всеми позициями, хотя уже было несколько отгрузок. Пробовал как через оформить реализацию, так и вводом на основании.

А как эти предыдущие отгружали? В реализациях этих предыдущих в строке табличной части Товары этот заказ указан?
Смотрите регистр накопления "Заказы покупателей". Реализация по нему заполняется

(1) Спасибо, сейчас гляну

Размещение вообще не заполнено. По регистру  "Заказы покупателей" есть движения + и - по данному заказу

(3) Могли движения с "+" и с "-" разбежаться по какому-либо измерению. Тогда будут остатки.