На SQL-сервере ежедневно осуществляется план самообслуживания. Но каждую ночь сервер выключается, а на утро включается. Каждодневное выключение сервера приводит к негативным последствиям?

(0) нет ни какой связи между планом и выключением
не приводит

Если только во время выключения какие то работы не выполняются

"Но каждую ночь сервер выключается, а на утро включается." — а у вас уборщица по утрам мониторы мокрой тряпкой не протирает случайно?

Ахахах! План самообслуживания!