Доброго дня, требуется помощь,
Выгружаю 1 документ в три:

Акт => Акт2
Акт => РТУ_Товар
Акт => РТУ_Услуги

Как видим имеем два документа РТУ в приемнике, нужно разрулить УИДы, но не выходит:

У Акта2 в приемники создал два реквизита  РТУ_Товар и РТУ_Услуги,
выгружаю их через ПКС ПКО Акта.

В ПКС реквизита Акта РТУ_Товар Перед выгрузкой:
Значение = Источник;
ИмяПКО = "РТУТовар";

в ПКО  РТУТовар Перед выгрузкой:
КлючВыгружаемыхДанных = ИмяПКО + ":Товар" + Источник.Ссылка.УникальныйИдентификатор();

Так же сделано для ПКС РТУуслуги.

В приемнике создается все равно одна РТУ - не разбивается на две,
куда копать?

Ключ выгружаемых данных хорошо, а в полях поиска что?

(1) все почистил, хочу по УИДУ, что бы искал, но они должны быть разные у РТУ

(2) Ну не получится двум документам делать один УИД без последствий. Делай свое комбинированное поле для поиска.

(3) а если сгенерить на основании одного УИДа два?

(4) Ну так если у тебя указан поиск по ГУИД, то он при загрузке второго найдет 1-й и перезапишет.
Поэтому в твоем случае отрубай для ПКО АКТ-> РТУ поиск по ГУИ и ищи самостоятельно по передаваемой комбинации. Либо реквизит заводи, либо в типовых можно механизм доп.свойст задействовать, ну или свой РС присобачить.