Собственно если на примере отпуск начинается с 1 марта 2015, а квартальная премия начисляется 31 марта как по программме и по закону должен начислться отпуск?

(0) а разве есть предмет дискуссии ?
к моменту начисления и выплаты отпускных премии нет, в отпускные не войдет

(1) Есть сомнения т.е. в плане того что отработано 2 месяца - январь и февраль (т.е. не должна ли премия которая будет выплачена 31 марта но в т.ч. и за январь и февраль учитываться в отпускных)?

(2) позже можно сделать перерасчет отпуска и увидите. Когда есть сомнения или уверенность что не вся сумма вошла в отпуск но начислений ещё нет, тогда делают перерасчет месяцем позже

+ что не вся сумма вошла в отпуск но начислений
потому что начислений ещё не было