Есть такой вопрос, возможно ли настроить синхронизацию в фронтоле, не  через интернет, а чтобы данные по синхронизации выгружались в какой-либо файл.

можно

а как хоть примерно это настраивается

http://www.atol.ru/software/front-office/frontol-5/#files

(2) Документацию пробовали почитать? Или сразу на форум пишем?