На форме справочника "А", есть список иерархического справочника "В".
У спр. "В" есть реквизит ссылка на спр. "А".
Как сделать, чтобы на форме справочника "А" видно было только группы и элементы справочника "В" с ссылкой на определенную ссылку "А" (сделать отбор по ссылке "А")?

по владельцу не получится так как в группе могут быть разные владельцы

Если в форме списка В есть отбор по реквизиту А, то при активизации строки в форме списка А устанавливать соответствующий отбор.
Если нет - лучше его добавить, чтобы не возиться с запросом и отбором по списку значений.