Подскажите.. где хранятся настройки СКД , который настраивает пользователь в режиме "предприятие"?

ХранилищеВариантов

(1) + Последнее может быть переопределено как это сделано, к примеру, в подсистеме Варианты отчетов из БСП и тогда варианты при обращении к хранилищу будут, скажем, сохраняться в справочнике.

(2) пользователь накосячил в настройках, отчет не открывается, как очистить его настройки?

(0) Если про типовую, то спр. Сохраненные настройки

(4) в спр. Сохраненные настройки вижу настройки только от типовых отчетов, а где хранятся от настройки от внешних отчетов?

Правильный ответ в (1) если в отчете не указано иное хранилище