в центральной базе, в центральном узле нужно указывать все филиалы или достаточно у казать головную организацию?

Думаю, все организауии, по которым хочешь обмениваться
Попробуй

На данный момент стоит только головная организация, обмен вроде бы идет, но правильно ли?

Пофик. Реквизиты узлов не летают с обменом. А в типовой бухии из периферии в центр отправляются все изменения

пофик (3) всмыле без разницы какой перечень филиалов в  центральной базе, в центральном узле, а главное чтобы головная орг была в нем указана?

Да можно ваще ничего не указывать. Центр сам себе ничего ж не отправляет. А периферии в типовом плане обмена и так в центр всё отправляют

(5) ясно, спасибо за пояснение

(5) зря вы так. Центр как раз отправляет. И как раз по тем организациям, которые в фильтре указаны.