При отправке писем в теле удаляет там все "лишние" переводы строк, а они нужны.
Подозреваю что на это влияет признак
ОбрабатыватьТекстСообщения =  ОбработкаТекстаИнтернетПочтовогоСообщения.Обрабатывать;
Общий модуль ЭлектроннаяПоста строка 412.
Не могу найти как отключить это, не меняя конфы.
Подскажите...

(0) если в коде нет ветвления никакого, то отключить это можно без правки через рарус. либо позвонить и узнать, может есть какая-то плюшка на эту тему, либо может внимут твоим желаниям и выпустят в следующем релизе такую возможность.

... или может можно написать в теле письма какой-то тег,  чтобы в результате он выглядел бы как перевод строки ?
пробовал <br> - не получается... отправляет текст <br>

Разобразлся ! - Для строк тела письма надо задать разный межстрочный интервал !