Фрагмент запроса:
ВЫБРАТЬ
Док.Реквизит1
ИЗ
Документ.МойДокумент.ТЧ1 КАК Док
ГДЕ
Док.Ссылка.Флаг

Объединить Все

ВЫБРАТЬ
Док.Реквизит1
ИЗ
Документ.МойДокумент.ТЧ2 КАК Док
ГДЕ
Не Док.Ссылка.Флаг

Как написать такой запрос без использования конструкции Объединить?

Это сложно

Левое соединение. Но зачем?

На майданы надо меньше ходить :-)

(2) может полное внешнее соединение?

Выбрать
Док.реквизит,
Док2.Реквизит
Из док как док
Из док2 как Док2