В пиковые моменты заказчик хочет регулировать все цены номенклатуры одним кликом.(т.е. ввел допустим +3% и все розничные цены поднялись на 3%) Как проще всего это сделать?

Попросить программиста 1С доработать.

В какой-то древней конфе видело подобное. Неужели в типовой УТ нет?

в установке цен номенклатуры - изменить цены - изменить на процент