Я заускаю 1с через батник, подскажите пожалуйста, что прописать в командной строке(батнике), что бы при запуске 1с выполнялась функция например ОбменСУТ??

(0)Пропиши ПриНачалеРаботыСистемы()

Если ИмяПользователя()="ГлавныйГрозныйПользователь" Тогда
    //запустить обработку
КонецЕсли;

И в батнике
"C:\Program Files (x86)\1cv82\8.2.16.352\bin\1cv8.exe" enterprise /SИмяСервера\ИмяБазы /NГлавныйГрозныйПользователь /PПароль /DisableStartupMessages
exit

Тут дело такое, когда кассир работает за кассой должна выполняться эта функция так, что бы не было зависаний.

Ну вместо ГлавныйГрозныйПользователь подставь пользователя-кассира

А если функция выполняется довольно долго, подвисаний не будет?

смотря что делает и как блокирует таблицы(если блокирует)

А какого то универсального способа без подвисаний и без использования "ПриНачалеРаботыСистемы" нет?

(6) такие вещи делаются на сервере по расписанию

Требуется запуск именно на компьютере кассира.

Создай батником файл-флаг нулевой длины в определенном каталоге (или тупо копируй его из другого каталога). При запуске проверяй - если файло есть - запускать обработку/удалять файл

Идею можно развить, записывая в текстовый файл имена функций, требуемых выполнения

(10) я на 77 делал реализацию AutoExec.ert, который может быть в папке базы или пользователя

Set WshShell=CreateObject("WScript.Shell")
WshShell.Run """C:\...1cv8.exe"" ENTERPRISE /SИмяСервера\ИмяБазы /NГлавныйГрозныйПользователь /PПароль /Execute полныйпутьобработка",1,0

Что скажите на счет фоновых заданий?

Тшл, можно чуть чуть подробностей)