Так:

НаборЗаписей=РегистрыСведений.МойРегистр.СоздатьНаборЗаписей();
НаборЗаписей.Отбор.Измерение1.Установить(ЗначениеИзмерение1);
НаборЗаписей.Отбор.Измерение2.Установить(ЗначениеИзмерение2);
НаборЗаписей.Отбор.Период.Установить(МоментВремени);
НаборЗаписей.Записать();

удаляется только одна запись, если она есть

Отбор только по Равно? Без цикла не как?

(1) отборы только на равенство!

так что без цикла не выйдет

(2) Спс