Выгружал нетиповую конфигурацию в файл, обновлял, теперь хочу взять живую информационную базу и дать ей обновленную нетиповую конфигурацию.

Говорят, в семерке были опасности при загрузке конфигурации из файла.
Есть ли они в восьмерке?

Обновляй смело, потом раскажешь.

во первых делай бэкап перед загрузкой и вперед

Никаких проблем - загружай смело (ну бекап разумеется сделай)

(0) Опасности, они по всюду!

Будь как про: сделай файл обновления для своей не типовой конфы. ;)

(0) Безопасно, но бэкап сделай

(0) Лучше предохраняться.
Найми подавана. Дай ему свою конфу. Пусть он накатывает. Если сломается - ты не виноват.

После http://www.forum.mista.ru/topic.php?upd&id=685879

не верю, что у тебя все хорошо закончиться.