Варианты:
1) Допилить обработку переноса чтоб писала через стандартный объект, а с использованием самописных функций эмулирующих XML. Когда-то допиливал, для выгрузки из 7.7 Бюджетной в 8-ку. Вот что-то подобное:
http://kb.mista.ru/article.php?id=73
2) Допилить обработку "ВыгрузкаЗагрузкаДанныхXML", чтоб по наименованию.
3) Перенумеровать номенклатуру во всех базах по алфавиту обработкой;)