В поле Версия объекта регистра Версии объектов наблюдаю значение ХранилищеЗначения. Собираюсь удалить все записи данного регистра. Вопрос- где  хранится значение поля Версия объекта. удалиться ли  это значение из ИБ после удаления строк регистра?

Удалится. Оно хранится в этом самом ХранилищеЗначения

(1) а это само ХранилищеЗначения оно храниться в поле Версия объекта или там только ссылка а храниться в другом месте?

(2) Правильно мыслишь, но это не уровень 1С. Так что, не переживай, считай что хранится в самом поле.

Чтобы удалить записи - ставь отбор на измерения и записывай пустой набор

а, всё хочешь удалить... тогда не переживай и удаляй

(2) В поле, в поле.