У работника в мае есть доход в натуральной форме  684,40 – минус льгота по НДФЛ 1400,00 и программа возвращает ему к выплате НДФЛ 13% от разницы – сумма 93 рубля.
В мае больше никакого дохода по расчетному листку нет.

Как сказал расчетчик этого возврата не должно быть.
Посмотрел настройки начисления "Прочие доходы в натуральной форме" там стоит облагается код дохода 4800.

В зупе я чайник, должен быть возврат или нет?

т.е. в расчетном листке "НДФЛ исчисленный по ставке 13(30)%    " = -93р.

(0) В настройках учета есть переключатель. ЗУП делает правильно, но можно сделать так, как хочет ваш придурошный расчетчик

(2)что за переключатель и как сделать ?

(0) До мая не было дохода?

(4)был

вот нашел, это вроде мой случай?
"Если сотрудник был принят на работу по трудовому договору или по договору подряда, то исчисление налога на доход в натуральной форме произойдет автоматически после проведения документа Начисление зарплаты работникам организации. Уплата также зарегистрируется автоматически, если установлен флаг При исчислении НДФЛ принимать исчисленный налог к учету как удержанный в настройке параметров учета (меню Сервис - Параметры учета, закладка Расчет зарплаты). При этом, если других доходов у сотрудника не было, и на самом деле удержать НДФЛ возможности не было, то у физлица образуется задолженность по взаиморасчетам с организацией. Этот случай надо отследить. Возможно два варианта развития событий:
-  либо сотрудник внесет необходимые для перечисления налога денежные средства в кассу (документ Приходный кассовый ордер),
- либо, пользуясь документом Корректировка записей регистров накопления, придется скорректировать у этого работника состояние регистра накопления НДФЛ расчеты с бюджетом, установив вид движения - «расход» и сумму налога с минусом. Помимо этого, в данном случае необходимо откорректировать регситр накопления Взаиморасчеты с сотрудниками организации. Важно, чтобы при занесении сведений даты и суммы точно соответствовали корректируемой записи. Вид движения Приход, сумма налога  - с плюсом, поля характер выплаты и способ выплаты оставляем незаполненными (аналогично имеющейся записи в регистре). Документ проводим. "
http://buh.ru/qaDescr-849