Где в БП 3,0 устанавливается номерация всех документов ?
в каком - пардон- ж.. месте это сделано ?

нигде

часть документов в одном ГМ, часть в другом

а ещё есть подписки :)

(3) Это само собой, через них и идёт выхов

Большая часть документов идёт через
ПрефиксацияОбъектовБПСобытия -> УстановитьПрефиксИнформационнойБазыОрганизацииПодразделения

А к примеру счет-фактура в
ПрефиксацияОбъектовСобытия -> УстановитьПрефикс

спасибо